Noydant (1174), Noydant sub Vesulio (1229), Noidant (1312), Noydan (1187), Noidan (1429), Noydam (1404), Noidant les Vesoul.
L'étymologie est obscure : les formes anciennes rendent peu probable l'hypothèse d'un nom de personnage germanique employé avec le suffixe –ing.
Noidans était un fief du comté de Bourgogne. En 1268, Aimé de Faucogney, seigneur de Villersexel reprit le fief de Noidans (" Neydent la vile et les finages et toutes les appendises "). Noidans revint ensuite à Marguerite de Faucogney, femme de François de La Palud, seigneur de Varambon.
Le 17 décembre 1496, Claude de La Palud affranchit les habitants de la mainmorte, des corvées de charrue et de charroi.
Les armoiries communales s'inspirent de celles de Claude de la Palud (les siennes étaient de gueules à la croix d'hermine c'est à dire une croix blanche ornée d'un semis de mouchetures d'hermines noires sur fond rouge alors que les armoiries communales sont d'argent à la croix d'azur herminé du champ, contournée de quarante vergettes de gueules, dix dans chaque contour c'est-à-dire fond blanc, croix bleue à mouchetures blanches et traits verticaux rouges de part et d'autre).

Rue du Château
Claude de La Palud vendit en 1514 la seigneurie de Noidans à Perrenot Droz, seigneur de Vaivre (vente annulée par jugement en 1554). La terre passa ensuite aux Grammont. Il y avait à Noidans des seigneurs particuliers possédant des petits fiefs. Au XVIIème siècle, ces petits fiefs étaient tenus par les Belin, les Jacquinot, les Terrier.
En 1789, les seigneurs étaient Joseph Renaud Marie Calf de Noroy et Lampinet de Navenne.